Pelaksanaan Kepmendagri Nomor 29 tahun 2002 tentang Pedoman Pengurusan Pertanggungjawaban dan Pengawasan Keuangan daerah, serta tata cara penyesuaian Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah yang disebut dengan anggaran kinerja, maka penangungjawab segala pelaksanaan kerja berada di tangan pimpinan instansi. Hal ini akan memudahkan pelaksaan pengawasan/kontrol setiap pelaksanaan proyek dapat lebih menghemat pengeluaran pemerintah yang tidak jelas. Menurut Sekda Provinsi Papua, Drs Dortheus Asmuruf, MM, peralihan sistem anggaran berimbang jadi anggaran kinerja akan dapat terlihat lebih jelas pemanfaatan dana anggaran yang dikelola pemerintah, di mana anggaran publik dan anggaran pemerintah sudah terpisah. Lebih jauh dikatakan, anggaran kinerja akan diukur dari input (jumlah dana, tenaga, waktu dan teknologi apa yang digunakan). Sementara outputnya diukur dari keberhasilan kapan selesai, pemanfaatannya bagaimana, tenaga kerjanya sudah terpenuhi. Kemudian diukur outcomenya yaitu yang dihasilkan dari proyek itu apa ada benefitnya atau tidak (keuntungan bagi masyarakat) dari proyek itu. Misalnya dari pembangunan jalan, dananya berapa, perlatan yang digunkan apa, yang telah dicapai berapa (km), sudah dimanfaatan oleh masyarakat atau belum, apakah melalui pembangunan jalan itu dapat meningkatkan pendapatan masyarakat. " Inilah yang dikatakan kinerja," katanya. Namun dalam pelaksanaan anggaran kinerja keberhasilan akan dapat dilihat dalam segi pelaksanaan, di mana pelaksanaan itu dilakukan dalam jangka pendek, jangka menengah dan jangka panjang. Dalam jangka pendek bisa sampai lima tahun, jangka menengah sampai 20 tahun dan jangka panjang itu lebih dari 20 tahunan. Masalah pelaksanaan proyek walaupun dalam anggaran kinerja tidak lagi mengenal pimpro dan benpro, menurut Sekda, bahwa pelelangan proyek tetap akan dilaksanakan, namun yang melaksanakan adalah pelaksana proyek (eselon III) dibantu pelaksana teknis proyek (eselon IV). Pelaksanaan pelelangan proyek pemerintah akan didasarkan pada Keppres Nomor 80 Tahun 2003 tentang pedoman pelaksanaan pengadaan barang/jasa pemerintah dengan tujuan, agar pengadaan barang/jasa pemerintah yang dibiayai APBN/APBD dapat dilaksanakan efektif dan efisien dengan prinsip bersaing sehat, transparan, terbuka dan perlakuan yang adil bagi semua pihak, alhasil dapat dipertanggung jawabakan baik secara fisik, keuangan maupun manfaat bagi kelancaran tugas pemerintah dan pelayanan masyarakat.