Pemerintah Indonesia dan Pemerintah Timor Leste (Timles) sepakat menyelesaikan sisa masalah yang terjadi pada masa lalu, termasuk pelangaraan HAM pasca-jajak pendapat, dengan cara baik-baik dan tidak mengganggu hubungan bilateral kedua negara. Kesepakatan tersebut ditetapkan dalam pertemuan antara Presiden Megawati Soekarnoputri dan Presiden Timor Leste Xanana Gusmao di Denpasar, Bali, Sabtu malam. "Pertemuan ini merupakan bagian dari proses penyelesaian masalah yang tersisa setelah lepasnya Timtim," kata Menlu Hassan Wirajuda setelah mendampingi Megawati dalam pertemuan tersebut. Baik Indonesia maupun Timor Leste mengakui sisa masalah masa lalu pasca-jajak pendapat perlu diselesaikan. Mengenai pelanggaran HAM, baik Indonesia maupun Timor Leste sudah melakukan langkah-langkah penyelesaian. Di Indonesia ada pengadilan ad hoc, sedangkan di Timor Leste ada dua proses yaitu Serious Crime Unit (SCU) dan pencarian kebenaran dan rekonsialisi. Baik proses yang terjadi di Indonesia maupun Timor Leste mendapat perhatian internasional. Oleh sebab itu, kata Hassan, perlu ada kesatuan pendapat antara Indonesia dan Timor Leste untuk menghadapi desakan dunia internasional. Pertemuan Megawati dan Xanana itu, kata Hassan, tidak secara spesifik menyebut soal Wiranto, yang diminta untuk ditangkap oleh SCU. Timor Leste sendiri dalam pertemuan itu menjelaskan bahwa pemerintahnya tidak mempunyai wewenang penuh terhadap SCU, yang merupakan kepanjangan tangan dari PBB. "Masalah SCU ini memang ada persoalan berkaitan dengan kedaulatan Timor Leste. Pemerintah Timor tidak selalu mengikuti atau mengakui keputusan SCU itu," katanya. Mengenai surat penangkapan itu, Pemerintah Timor Leste tidak menganulir tetapi juga tidak memutuskan apa-apa. Namun, Hassan mengakui baik Indoensia maupun Timor Leste perlu sama-sama menilai apakah upaya penuntasan masalah pelanggaran HAM itu oleh masing-masing negara sudah cukup memadai. "Ini untuk kepentingan bangsa menghadapi tekanan internasional," katanya. Presiden Xanana sendiri sebenarnya ingin menutup sejarah masa lalu dan membangun persahabatan pada masa depan dengan Indonesia. Namun, kata Hassan, beban masa lalu harus diselesaikan dan pihak internasional memperhatikan hal tersebut. Dalam kunjungan ke Indonesia, Xanana didampingi Menlu Timor Leste Ramos Horta. Ia tiba di Denpasar, Sabtu petang, dengan menggunakan pesawat reguler milik perusahan penerbangan nasional Merpati dari Dili. Menurut Hassan, pengangkatan kasus pelanggaran HAM tidak berkaitan dengan capres di Indonesia; mantan Pangab dan Menhan Wiranto merupakan salah satu capres. "Saya kira ini tidak ada kaitannya karena pengadilan ad hoc HAM sendiri sudah memasuki bagian akhir," katanya.