Berdasarkan hasil pemeriksaan oleh Tim Pemeriksa, bahwa penggunaan dana Otsus di kabupaten-kabupaten mempunyai banyak masalah, sehingga hasil pemeriksaan oleh Tim yang terdiri dari Bawasda Provinsi Papua dan BPKP masih perlu ditindak lanjuti dengan pemeriksaan investigasi terhadap para bupati. Hasil pemeriksaan terhadap pengunaan dana Otsus Papua di kabupaten-kabupaten oleh Tim Pemeriksa baru diserahkan kepada Gubernur Provinsi Papua, Selasa (6/7) kemarin, sehingga dapat diketahui bahwa masih banyak permasalahan terhadap penggunaan dana otonomi khusus (otsus) yang menjadi bagian dari pada daerah kabupaten-kabupaten tersebut. Gubernur Provinsi Papua, Drs J.P Solossa, M.Si saat di temui PAPUA POST di Kantor Gubernur Dok II Jayapura, Selasa (6/7) kemarin, menegaskan setelah dilakukan pemeriksaan terhadap penggunaan dana Otsus Papua di daerah kabupaten-kabupaten/kota ditemukan berbagai masalah, karena tidak jelasnya penggunaan dana tersebut dan membutuhkan pemeriksaan investigasi terhadap bupati-bupati. " Berdasarkan hasil pemeriksaan yang dilakukan Tim, masih perlu lagi dilakukan pemeriksaan lanjutan berupa pemeriksaan investigasi kepada bupati," ujar gubernur. Lebih lanjut gubernur menerangkan, berdasarkan hasil pemeriksaan, ditemukan berbagai masalah seperti adanya pengalihan dana dari program -program yang telah ditetapkan dan telah disetujui, juga ditemukan adanya penggunaan dana-dana yang tidak jelas. Sehingga untuk mengetahui secara jelas alasan-alasan apa yang menyebabkan adanya masalah perlu dilakukan pemeriksaan investigasi kepada bupati. Menyinggung tentang persentasi keberhasilan penggunaan dana Otsus tahun 2003, gubernur mengatakan, berdasarkan hasil pemeriksaan yang dilakukan oleh Tim Bawasda dan BPKP, maka belum dapat di rumuskan berapa persentasi keberhasilan yang dicapai dalam penggunaan dana otsus tersebut. Namun penilaian terhadap keberhasilan penggunaan dana otsus itu sendiri tidak saja dinilai dari segi besaran dana yang di keluarkan, tetapi juga harus dinilai dari hasil yang telah dicapai (out come) yang dapat dirasakan oleh masyarakat. Sementara itu Kepala Bawasda Provinsi Papua, Drs. Elia I Loupatty, MM selesai melaporkan hasil pemeriksaan tim kepada gubernur, kepada wartawan mengatakan, hasil pemeriksaan penggunaan dana Otsus di pemerintah kabupaten/kota yang telah di serahkan/laporkan ke gubernur belum termasuk hasil dari kabupaten Jayawijaya, sebab pemeriksaan oleh Tim Pemeriksa saat ini masih sedang berlangsung di kabupaten tersebut. Seharusnya pemeriksaan di kabupaten tersebut bersamaan dengan kabupaten-kabupaten lainnya, namun disaat tim pemeriksa hendak melakukan pemeriksaan, oleh pemerintah kabupaten tidak bersedia dilakukan pemeriksaan, dengan alasan pada saat itu Bupati tidak berada di tempat dan sedang berobat di Jakarta. Pemeriksaan baru dapat dilakukan setelah Bupati pulang berobat dari Jakarta, sehingga baru minggu lalu, tim pemeriksa untuk kabupaten Jayawijaya diturunkan dan diharapkan dalam waktu dekat hasilnya sudah dapat dilaporkan kepada gubernur.