Bulan Mei 2012 Kota Jayapura mengalami inflasi sebesar 0,97 persen dengn Indek Harga Konsumen (IHK) sebesar 134,31. Menurut Kepala Badan Pusat Statistik (BPS) Provinsi Papua, Didik Kusbianto, inflasi Kota Jayapura pada bulan Mei 2013 terjadi karena adanya kenaikan barang dan jasa pada kelompok bahan makanan sebesar 1,82 persen; serta pada kelompok transportasi, komunikasi dan jasa keuanganyang naik 1,00 persen. "Kemudian pada kelompok kesehatan sebesar 0,83 persen; kelompok makanan jadi, minuman, rokok dan tembakau sebesar 0,71 persen; kelompok perumahan, air, listrik, gas dan bahan bakar 0,62 persen; serta kelompok pendidikan, rekreasi dan olahraga 0,01 persen," tukasnya dalam keterangan pers, di Ruang Rapat Kantor BPS Papua, Senin (3/6).

      Dari 66 kota IHK, sebanyak 23 kota mengalami inflasi (termasuk Kota Jayapura) dan 43 kota mengalami deflasi. Inflasi tertinggi terjadi di Kota Ambon sebesar 2,25 persen sementara inflasi terendah terjadi di Kota Bogor sebesar 0,01 persen. "Kalau untuk deflasi tertinggi terjadi di Kota Mataram sebesar -1,03 persen dan deflasi terendah terjadi di Kota Pekan, Kota Tasikmalaya yang masing-masing -0,01 persen. Sedangkan Kota Jayapura disini posisinya menempati urutan ke-3 secara nasional dan ke-2 untuk tingkat Sulawesi, Maluku dan Papua (Sumapua).
Sementara itu, laju inflasi bulanan Kota Jayapura pada Mei 2013 mencapai sebesar 0,97 persen lebih tinggi dibanding laju bulanan nasional sebesar -0,03 persen. Sedangkan untuk laju inflasi tahun kalender (Mei 2013 - Desember 2012) Kota Jayapura sebesar 1,21 persen lebih rendah dibanding dengan laju inflasi tahun kalender nasional (Januari - Mei 2012) sebesar 2,30 persen.

      Dan untuk laju inflasi "year on year" (Mei 2013terhadap Mei 2012) Kota Jayapura sebesar 6,54 persen atau lebih tinggi dibanding nasional sebesar 5,47 persen," ucapnya. Ditambahkan untuk inflasi komponen inti pada bulan Mei 2013 sebesar 1,18 persen. Inflasi komponen yang harganya diatur pemerintah pada bulan Mei 2013 sebesar 0,85 persen dan inflasi komponen bergejolak pada Mei 2013 adalah 0,40 persen. "Dan untuk inflasi tahun kalender untuk komponen inti pada Mei 2013 sebesar 1,76 persenn" tutupnya