Pelaksanaan Pemilihan Kepala Daerah (Pilkada) Gubernur maupun Bupati/Walikota di Papua, tak pernah lepas dari sengketa hukum  dan gugat-menggugat antar para calon. Hal ini disebabkan oleh karena adanya rasa ketidakpuasan dari salah satu calon dalam  menyikapi hasil maupun proses tahapan pelaksanaan Pilkada. Gubernur Barnabas Suebu berpendapat untuk meminimalisasi sengketa  hukum dalam pelaksanaan Pilkada kedepan, baik pada Pilkada pencalonan Gubernur, Bupati dan Walikota, pemerintah perlu  meninjau ulang persayaratan calon Kepala Daerah yang mengikuti pelaksanaan Pilkada. Dalam artian, persayaratan untuk menjadi  Kepala Daerah dalam UU harus diperketat agar dikemudian hari tidak terjadi hal-hal yang merepotkan dan merugikan. “Dulu waktu  zaman saya Gubernur, masa jabatan tahun 1987 sampai dengan 1992, bahwa zaman itu tidak semua orang gampang jadi Kepala  Daerah. Walaupun tidak dipilih langsung oleh rakyat tapi tidak mudah untuk jadi bupati dan walikota atau Gubernur. Dan yang  menjadi bupati maupun walikota semuanya bagus-bagus dan punya kualitas kerja yang mantap.Itu dulu,” kata Suebu Menurut Suebu,  saat ini mereka yang menjadi bupati, kinerjanya tidak seperti dengan apa diharapkan. Mengapa ? Karena sistem undang-undangnya yang salah, dimana sistem terlalu melonggarkan bagi setiap orang untuk mendaftar menjadi bupati maupun walikota, padahal  kwalitasnya diragukan.
Oleh karena itu, lanjutnya, baru-baru ini masalah sistem persyaratan calon Kepala Daerah dalam undang-undang pemilihan  langsung telah dikonsultasikan dengan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono maupun ditingkat DPR-RI, untuk ditinjau kembali  maupun lebih diperketat persyaratanya sehingga kualitas calon Kepala Daerah yang mengikuti Pilkada langsung sesuai dengan apa  yang diharapkan. Ditambahkan Suebu, pemilihan langsung ditanah air ini ini sebenarnya ditiru dari Mexico, baik untuk  pemilihan Presiden, Gubernur dan Bupati. “Pada waktu itu saya duta besar Indonesia di Mexico, jadi tim KPU dari pusat saya  yang menfasilitasi mereka waktu mengambil data-data dan masukan dari sana (Mexico-red). Paling tidak KPU dari Jakarta,  kira-kira ada 10 kali mereka kesana. Namun pemilihan di Mexico persyaratannya sangat ketat sekali. Dimana kualitas dilihat  dulu baru dilepas untuk dipilih rakyat, tuturnya.