Kabupaten Jayapura bersama 8 (delapan) Kabupaten Otonom lainnya (Kabupaten Biak Numfor, Manokwari, Sorong, Fak-Fak, Merauke, Jayawijaya, Paniai dan Yapen Waropen) dibentuk berdasarkan Undang–Undang Nomor 12 Tahun 1969 tentang Pembentukan Provinsi Otonom Irian Barat dan Kabupaten-Kabupaten Otonom di Provinsi Irian Barat. Berdasarkan Undang-Undang tersebut, Kabupaten Jayapura meliputi 6 (enam) wilayah Kepala Pemerintahan yaitu Kepala Pemerintahan setempat Jayapura, Nimboran, Mamberamo, Keerom, Sarmi dan Dafonsoro dengan pusat pemerintahan daerah berkedudukan di Jayapura.

Pada tahun 1993 berdasarkan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 1993, wilayah Kabupaten Jayapura dimekarkan menjadi 2 (dua) Kabupaten/Kotamadya yaitu Kabupaten Jayapura (Kabupaten Induk) dan Kotamadya Jayapura, sehingga Ibukota Kabupaten Jayapura dipindahkan ke Sentani berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 15 Tahun 2000 tentang Pemindahan Ibukota Kabupaten Jayapura dari Wilayah Kotamadya Jayapura ke Wilayah Sentani, tepatnya tanggal 10 Maret 2010 merupakan tonggak awal sejarah kota Sentani ditetapkan sebagai ibukota Kabupaten Jayapura, sehingga pada tanggal 10 Maret tersebut dijadikan sebagai Hari jadi Kota Sentani sebagai ibukota Kabupaten Jayapura. Sampai dengan pertengahan bulan Juni 2001 ibukota Kabupaten Jayapura mulai bergerak dari bibir pantai Teluk Yos Sudarso di wilayah Kotamadya Jayapura menuju wilayah Sentani yang tepatnya di atas Gunung Paniau di bawah kaki Gunung Cycloops dijadikan pusat perkantoran Pemerintah Kabupaten Jayapura.  Bertepatan dengan pelantikan Bupati Jayapura  Habel Melkias Suwae, S.Sos, M.M dan Wakil Bupati Ir. Tunggul TH Simbolon, MA periode 2001-2006 pada tanggal 12 Oktober 2001, Kawasan perkantoran Pemerintah Kabupaten Jayapura diresmikan penggunaannya oleh Gubernur Provinsi Papua Drs. Yaap Salossa, M.Si.

Selanjutnya pada tahun 2002, berdasarkan Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2002 tentang Pembentukan Kabupaten di Provinsi Papua, wilayah Kabupaten Jayapura dimekarkan lagi menjadi 3 (tiga) Kabupaten yaitu Kabupaten Jayapura (Kabupaten Induk), Kabupaten Sarmi dan Kabupaten Keerom. Kabupaten Jayapura setelah pemekaran wilayah pada tahun 2002 memiliki 11 (sebelas) Distrik. Tahun 2003 dilakukan pemekaran Distrik berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Jayapura Nomor 12 Tahun 2003 tentang Pembentukan Distrik Ebungfauw, Distrik Waibu, Distrik Namblong, Distrik Yapsi dan Distrik Airu, sehingga jumlah Distrik di wilayah Kabupaten Jayapura menjadi 16 Distrik dan pada tahun 2005 kembali dilakukan pemekaran distrik berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 2 Tahun 2006 tentang Pembentukan Distrik Raveni Rara, Distrik Gresi Selatan dan Distrik Yokari. Sehingga secara administratif, wilayah Kabupaten Jayapura bertambah dari 16 Distrik menjadi 19 Distrik.

 Tahun 2007 dilakukan pemekaran kampung, sehingga jumlah kampung yang sebelumnya berjumlah 127 Kampung menjadi 137 Kampung melalui Peraturan Daerah Kabupaten Jayapura Nomor 2 Tahun 2007 tentang Pembentukan Kampung Benggwin Progo, Kampung Aib, Kampung Hyansip, Kampung Sumbe, Kampung Hanggaiy Hamong, Kampung Nandalzi, Kampung Bundru, Kampung Doromena, Kampung Bambar dan Kampung Yahim. Pada tahun 2009, kembali dilakukan pemekaran kampung berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Jayapura Nomor 13 Tahun 2009 tentang Pembentukan Kampung Kamikaro dan Kampung Naira. Sehingga Kabupaten Jayapura saat ini terdiri dari 19 (sembilan belas) Distrik, 5 (lima) Kelurahan dan 139 (seratus tiga puluh sembilan) Kampung.