Secarasubtansial, Visi merupakan sebuah mimpi, cita-cita ataupun harapan-harapan yang akan di capai dimasa yang akan datang yang di wujudkan melalui Misi sebagai penjabaran dari Visi tersebut. Dengan demikian maka, Visi dan Misi Kabupaten Jayapura  dirumuskan sebagai berikut :

I.  Visi dan Misi Rencana Pembangunan Jangka Panjang Daerah

A.  Visi

Visi Pembangunan Kabupaten Jayapura Tahun 2007 – 2027 adalah: “TERWUJUDNYA MANUSIA JAYAPURA YANG TERDEPAN DI PAPUA”

B.  Misi

Dalam upaya mewujudkan Visi Pembangunan tersebutditempuh melalui Misi Pembangunan sebagai berikut :

 1. Mewujudkan Masyarakat Yang Mandiri dan Berkualitas serta bermartabat,   yaitu mendorong pembangunan yang berpihak pada masyarakat dan menjamin seluas-luasnya peningkatan kualitas sumber daya manusia, infrastruktur yang maju, penerapan ilmu pengetahuan dan teknologi, dan berwawasan lingkungan; berwawasan gender serta didukung oleh kemitraan dengan berbagai stakeholder.

 2.  Mewujudkan Terbukanya Lapangan Kerja dan Kesempatan Berusaha, yaitu  Pemenuhan hak atas pekerjaaan yang layak bagi seluruh masyarakat, meningkatkan akses terhadap kesempatan kerja  dan kesempatan mengembangkan usaha melalui langkah terpadu untuk menciptakan lapangan kerja bagi masyarakat dengan peningkatan investasi yang padat kerja, pengembangan usaha, peningkatan akses terhadap permodalan, faktor produksi, informasi, teknologi dan pasar, serta meningkatkan kemampuan pekerja, melindungi pekerja dan meningkatkan kemitraan dalam rangka memperluas kesempatan kerja dan perlindungan tenaga kerja.

 3.  Mewujudkan Masyarakat Sadar Hukum, Demokratis,  Damai, serta  Partisipatif, yaitu menjamin penegakan hukum yang adil, konsekuen, tidak diskriminatif, mengabdi pada kepentingan masyarakat luas, serta meneruskan konsolidasi demokrasi bertahap pada berbagai aspek kehidupan politik agar demokrasi konstitusional dapat diterima sebagai konsensus dan pedoman politik dalam kehidupan bermasyarakat, berbangsa dan bernegara. Partisipatif menjadi pola baku yang perlu diterapkan dalam semua tahapan pembangunan, sehingga kualitas pembangunan menjadi lebih bermakna bagi masyarakat.

4. Mewujudkan Transparansi dan  Akuntabilitas Publikadalah mendorong pembangunan yang mampu mewujudkan akuntabilitas publik dan transparansi bagi semua. Mendorong terwujudnya aparatur yang berkualitas, mandiri dan bertanggung jawab serta bebas dari korupsi, kolusi dan nepotisme.

5. Terjaganya kelestarian alam dan Lingkungan Hidup, pemanfaatan sumberdaya alam diarahkan untuk kemakmuran masyarakat dengan tetap memperhatikan kelestarian fungsi lingkungan hidup. Pengelolaan  sumberdaya alam harus seimbang untuk menjamin keberlanjutan, yaitu keseimbangan antara aspek pemanfaatan sumberdaya alam sebagai modal pertumbuhan ekonomi dengan aspek perlindungan terhadap kelestarian fungsi lingkungan hidup sebagai penopang sistem kehidupan secara luas.

6. Mewujudkan keadilan dan kesetaraan gender ,adalah mendorong proses-proses keberpihakan kebijakan-kebijakan yang sensitive pada kegiatan antar perempuan dan laki-laki 

II.      VisidanMisiRencanaJangkaMenengah Daerah

A.        V I S I

VisiPembangunan KabupatenJayapuraTahun 2012-2017 adalah”JAYAPURA BARU” yang kemudian di rumuskandalam 5 PokokVisiyaitu:

1. Jayapura Yang BerjatiDiri : Pokok Visi ini adalah sebagai  gambaran terhadap kondisi masyarakat Jayapura yang senantiasa menjaga, melindungi, memberdayakan dan merestorasi keaslian karakteristik jati dirinya pada kehidupan sosial, ekonomi, budaya dan pemerintahan mulai dari level kampung, distrik, hingga kabupaten.

2. Jayapura Yang Berkepemimpinan Baik : Pokok Visi ini adalah sebagai gambaran terhadap kondisi tata kelola Jayapura yang di dalamnya tersedia  ruang partisipasi bagi tanggung jawab rakyat, dunia usaha, pemerintah, legislatif dan badan pemeriksa; dengan manajemen perubahan yang adaptif terhadap dinamika lingkungan serta menjamin akuntabilitas dan transparansi.

3.  Jayapura Yang Cerdas : Pokok Visi ini adalah sebagai gambaran terhadap kondisi masyarakat Jayapura dengan kualitas manusia yang memiliki tingkat pendidikan, kesehatan dan kehidupan rohani yang tinggi dan merata di seluruh sebaran wilayah.

4.   Jayapura Yang Sejahtera, Harmonis dan Damai : Pokok Visi ini adalah sebagai gambaran terhadap kondisi masyarakat Jayapura yang terpenuhi kebutuhan dasarnya dan mengedepankan harmoni antar golongan, lapisan, etnis, budaya, dan kelompok kepentingan.

5. Jayapura Yang Berdaya Saing : Pokok Visi ini adalah sebagai gambaran terehadap kondisi masyarakat Jayapura dengan produktivitas dan pertumbuhan ekonomi yang meningkat dengan infrastruktur yang kuat serta daya dukung lingkungan yang berkelanjutan.

B.    M I S I

Misi ini memuat rumusan umum mengenai upaya -  upaya yang  akan dilaksanakan untuk mewujudkan Visi yang telah dirumuskan. Berdasarkan Visi di atas makadirumuskan Misi Kabupaten JayapuraTahun 2012-2017 sebagai berikut :

I.      Memperkuat hak-hak adat dan memberdayakan masyarakat berkelanjutan

Demokratisasi dan desentralisasi pembangunan berimplikasi pada kehendak mewujudkan kebijakan persebaran pusat-pusat kewenangan. Karena itu, menjadi penting untuk membuka ruang publik seluas-luasnya bagi peningkatan akses masyarakat berpartisipasi dalam seluruh rangkaian proses pembangunan di daerah ini. Salah satu komponen masyarakat yang dipandang memiliki otoritas nyata ditengah masyarakat adalah eksistensi adat. Ini ditekankan secara implisit dalam Undang-undang Otonomi Khusus Papua tentang pengakuan peran adat dalam kerangka pemberdayaan masyarakat.Sehubungan dengan itu, maka  misi menguatkan hak-hak adat diperlukan sehingga kemitraan antara pemerintah dan adat berlangsung dalam hubungan yang harmonis.

II.     Menata kembali pemerintahan daerah

Masyarakat Kabupaten Jayapura dengan ciri majemuk menghadapi perubahan dalam lingkungan eksternal dan internal. Pada lingkup eksternal, perubahan yang terjadi meliputi aspek ekonomi, sosial, politik, budaya, teknologi, demografi, sedangkan pada lingkup internal perubahan yang terjadi meliputi perubahan organisasi dan manajemen pemerintahan yang responsif terhadap perubahan eksternal.

Penataan kembali pemerintahan Kabupaten Jayapura dimaksudkan untuk membangun suatu pemerintahan yang baik, bersih dan berwibawa. Ciri-cirinya adalah partisipasi masyarakat yang subtansial, program dan anggaran yang transparan, alokasi peran dan tanggung jawab yang jelas antara pemerintah, masyarakat dan dunia usaha, yang di dalamnya terjamin akuntabilitas dan transparansi.

III.     Membangunmasyarakatcerdas

Dengan dukungan masyarakat yang cerdas, Kabupaten Jayapura memiliki modal manusia dan modal sosial yang sangat besar. Dalam hal ini, Jayapura Baru diindikasikan oleh empat faktor yang menentukan, yakni manusia inovatif dan kreatif yang didukung kesehatan  prima, hubungan dan jaringan, kemampuan teknologi, dan ketersediaan sumber daya alam.

IV.    MembangunJayapura yang sejahtera,harmonis dan damai

Misi ini dilandaskan pada pemahaman bahwa sumberdaya masyarakat yang sehat dan cerdas merupakan hak dasar yang harus dicapai dengan semangat gotong royong serta kinerja pemerintah daerah yang handal. Ini memerlukan hubungan kemitraan masyarakat adat dan pemilik modal/swasta yang harmonis dalam pengelolaan sumberdaya kampung. Pemerintah memfasilitasi secara periodik forum komunikasi antar Pimpinan Adat,Agama, Pemuda dan Perempuan sebagai wadah untuk mengelola/membangun persepsi untuk Jayapura yang bermartabat dan maju serta wadah mendorong partisipasi masyarakat. Dengan demikian terpelihara suasana yang aman, damai, tertib dan taat kepada hukum serta menjunjung tinggi nilai demokrasi. Ini diarahkan pada upaya memberi ruang kepada pemuda potensial yang kritis namun santun (komunitas demokrasi Jayapura) untuk mengawal kebijakan publik yang berpihak kepada rakyat sebagai mitra pemerintah.

Kemitraan pemerintah, swasta dan masyarakat dapat pula dikembangkan dalam semangat konfederasi Mamta atau konteks yang lebih luas sebagai satu wilayah adat di Papua, sehingga Jayapura dibangun dalam semangat kebersamaan secara efisien, terpadu dan berdampak luas. Pelaksanaan proses rekruitmen politik menjunjung tinggi asas-asas demokrasi dan keadilan.  UU No.21/2001 dan UU No.32/2004 serta UU lainnya terus dikaji dan diimplementasikan berbasis lokalitas. Di lain pihak, tata hukum nasional perlu diterapkan secara konsisten dalam rangka menciptakan kehidupan masyarakat yang aman dan tertib. Juga sangat penting untuk memberikan penghormatan dan pengakuan setara terhadap eksistensi hukum adat serta memberikan perlindungan terhadap hak-hak dasar dan hak ulayat masyarakat adat.

V.     Meningkatkan pertumbuhan ekonomi daerah berbasis pemberdayaan masyarakat yang berdaya saing dan berwawasan lingkungan didukung dengan infrastruktur yang kuat.

Pertumbuhan ekonomi daerah yang ditopang oleh kontribusi berbagai sektor strategis, terus didorong dengan memanfaatkan jaringan kemitraan internal (masyarakat adat) dan kemitraan eksternal (pihak swasta lokal-nasional dan internasional). Hal ini ditumpukan pada sektor perdagangan/jasa dan industri yang didukung secara simultan oleh sektor lainnya. Pelibatan masyarakat secara aktif sebagai subyek sangat dipentingkan, sehingga peranan masyarakat menjadi signifikan dalam memajukan Kabupaten Jayapura hingga Tahun 2017.

Sebagai sentra perdagangan/jasa, dimaksudkan bahwa dalam lima tahun ke depan, Kabupaten Jayapura mampu menjadi barometer dalam berbagai komoditi produk unggulan perdagangan/jasa dan industri berskala kecil-menengah hingga industri berskala besar yang memiliki kualifikasi terstandardisasi domestik dan global. Dengan demikian, Kabupaten Jayapura menjadi pusat suplai untuk memenuhi kebutuhan kabupaten tetangga maupun kawasan regional di Papua dan bahkan di tingkat nasional. Hal tersebut didukung dengan posisi Kabupaten Jayapura saat ini sebagai wilayah penting dalam melayani arus lalu lintas transito udara dan laut. Sedangkan sebagai pusat industri, dimaksudkan agar Kabupaten Jayapura mampu mengoptimalkan pemanfaatan bahan baku sumberdaya alam yang potensial untuk diolah menjadi bahan jadi yang memiliki keunggulan kompetitif yang berciri khas.

Upaya ini meliputi prasarana perhubungan/transportasi dalam rangka membangun jaringan transportasi terpadu (darat, laut, sungai dan udara), ketersediaan air bersih, ketersediaan energi dan ketersediaan sistem telekomunikasi. Tata ruang Kabupaten Jayapura diupayakan merespons   inamika interkoneksivitas Jayapura-Puay-Sentani dan Sentani-Depapre/Entiyebo sebagai kawasan Wisata Alam dan Budaya yang terpadu dengan memperhatikan pusat pertumbuhan, fasilitas umum dan kawasan lindung. Kebutuhan interkoneksivitas lintas Kabupaten (Mamta) yang terintegrasi dalam hal ketersediaan energi listrik dengan tenaga air, pelabuhan peti kemas Depapre, Kawasan Industri Bonggrang, Bandar Udara Sentani dan pariwisata