Hubungan antara ibu kota Kabupaten dengan ibu kota distrik atau daerah pedalaman lainnya dapat dicapai melalui hubungan udara dengan jenis pesawat Twin-Otter dan lewat laut/ sungai dengan kapal motor perintis lokal serta jalan darat. Dari 11 distrik yang bisa dijangkau melalui darat baru 10 distrik ( Merauke, Kurik, Okaba, Muting, Semangga, Tanah Miring, Jagebob, Sota, Elikobel dan Ulilin ). Hubungan ibu kota distrik desa-desa umumnya melalui transportsi sungai, darat / jalan setapak.

Dermaga pelabuhan Merauke dengan panjang 158 M, Draft 6 M dan GT 7.341 dapat disinggahi oleh kapal penumpang dan kapal perintis.

• Km Kalimutu dengan trayek : Merauke, Timika, Dobo, Saumlaki, Kupang, Ende, Waingapu dan Surabaya.
• R 42 dengan jalur pelayaran : Merauke, Kimaam, Bayun, Atsy, Eci dan Senggo (PP)
• R 43 dengan jalur pelayaran : Merauke, Wanam, Bayun, Atsy, Agats, Akat, Agats, Sawa Erma, Atsy, Bayun, Wanam, Merauke
• R 44 dengan jalur pelayaran : Merauke, Kimaam, Wanam, Bade, Mur, Keppi (PP)
• R 44 dengan jalur pelayaran : Merauke, Kimaam, Wanam, Bade, Asiki, Getentiri (PP)
• R 45 dengan jalur pelayaran : Merauke, Wanam, Bayun, Atsy, Eci, Senggo, Atsy, Bayun, Wanam, Suator, Merauke (PP)
• R 46 dengan jalur pelayaran : Merauke, Bade, Agats, Parako, Dobo, Tual, Kaimana, Fak-Fak, Gorong, Geser, Bintuni, Babo, Sorong (PP)
• R 47 dengan jalur pelayaran : Merauke, Wanam, Bade, Agats, Dobo, Tual, Kaimana, Fak-Fak, Gorong, Geser (PP)

• KM.Lady Mariana
• KM.Maroka Ehe
• KM.Muli Anem
• Kapal Tangker

• Bongkar / Unload : 358.899,257 ton/m³
• Muat / Load : 50.728,179 ton/m³

• Penumpang Turun : 18.623 Orang
• Penumpang Naik : 17.549 Orang

Sebagai satu-satunya Airlines yang tetap mempertahankan komitmen membangun tanah Papua sejak beroperasinya PT. Merpati Nusantara tahun 1962 hingga sekarang, maka seiring dengan perkembangan pemekaran wilayah Papua dan Kabupaten Merauke tentunya Merpati selalu mendukung program tersebut.

Jaringan penerbangan Merpati khususnya di Merauke merupakan sarana vital yang telah dinikmati oleh masyarakat didaerah ini, baik intra Merauke maupun keluar Merauke. Jasa-jasa pesawat jenis Twin Otter/Boeing 737-200/Boeing 737/300/ merupakan bukti nyata pelayanan Merpati terhadap kebutuhan masyarakat dan kemajuan daerah ini.

Hubungan kekeluargaan antara Merpati dan masyarakat serta Pemerintah di daerah ini membuat Pemerintah Kabupaten Merauke mempercayakan Merpati untuk melayani masyarakat sehubungan dengan pemekaran wilayah Kabupaten Merauke, Asmat, Mappi, Boven Digoel dalam bentuk kerjasama operasional jenis Pesawat Twin Otter DHC – 6 PK-NPA/Musamus pada bulan Mei 2004 dan pada Tahun 2006 telah di KSO kan antara Pemerintah Daerah dan Pihak Merpati untuk mengoperasikan pesawat Boing 737 seri 300 yang diberi nama KLI dengan rute penerbangan Merauke-Jayapura-Timika-Makasar-Surabaya dan Jakarta setiap hari, sehingga dapat mengatasi kepadatan penumpang yang dan akan berangkat ke Merauke.

Kedepan, guna untuk pengembangan jaringan penerbangan, penerbangan dari dan ke Merauke direncanakan penambahan pesawat Boing 737-300 dilakukan kerjasama operasional antara Pemerintah Kabupaten Merauke dengan PT. Merpati Nusantara.

• Jenis Pesawat Boeing 737 Nomor Penerbangan MZ 752 setiap hari ke Merauke.
  Route : Jakarta – Manado – Biak – Jayapura – Merauke.
• Jenis Pesawat Boeing 737 Nomor Penerbangan MZ 771 setiap hari dari Merauke.
  Route : Merauke – Jayapura – connecting ke Biak, Manado, Manokwari, Sorong - Merauke – Timika
  Merauke – Makassar connecting Surabaya, Yogyakarta, Kendari, Balikpapan, Bandung, Palu, Kupang, Denpasar, Merauke – Jayapura.
• Jenis Pesawat Twin Otter DHC – 6 dengan registrasi PK NVA/Musamus kerjasama Operasional Pemerintah Daerah Kabupaten Merauke dengan PT. Merpati Nusantara. Penerbangan Komersial dengan Route :
  
  • Merauke - Ewer - Timika
  • Ewerh - Merauke 4X Flight per minggu
  • Meraukeh - Tanah Merahh - Merauke 7X Flight per minggu
  • Meraukeh - Senggoh - Merauke 3X Flight per minggu
  • Meraukeh - Badeh - Merauke 2X Flight per minggu
  • Meraukeh - Wanamh - Merauke 3X Flight per minggu
  • Meraukeh - Kepih - Meraukeh - Jayapura 6X Flight per minggu
  • Tanah Merah - Jayapura 1X Flight per minggu (MZ)
• Jenis Pesawat Twin Otter DHC – 6, Penerbangan perintis Merpati tahun anggaran 2006 (Anggaran APBN TA. 2006) dengan Route :
  
  • Merauke - Kimaam - Merauke 1X Flight per minggu
  • Merauke – Bomakia – Merauke 1X Flight per minggu
  • Merauke – Mindiptana – Merauke 2X Flight per minggu
  • Merauke – Okaba – Merauke 2X Flight per minggu
  • Merauke – Kamur – Merauke 1X Flight per minggu

Kegiatan di Bandara Mopah Merauke termasuk cukup padat dengan frekuensi penerbangan yang ada.

• Berangkat : 1.662 Call
• Datang : 1.669 Call

• Berangkat : 349.090 Orang
• Datang : 346.274 Orang

• Barang Cargo
  • Muat : 661.149 Kg
  • Bongkar : 418.592 Kg
• Barang Bagasi
  • Muat : 576.107 Kg
  • Bongkar : 512.540 Kg
• Barang Pos Paket
  • Muat : 16.894 Kg
  • Bongkar : 23.618 Kg

Untuk penerbangan ke pedalaman / distrik dipergunakan pesawat DHC-6 jenis Twin Otter dan jenis Cessna dari MAF. Frekuensi penerbangan dari Merauke ke pedalaman adalah tujuh kali dalam seminggu, sedangkan untuk MAF dapat dilakukan setiap saat dengan tarif Carter. Dari 11 distrik yang ada di kabupaten merauke hanya terdapat 3 distrik yang dapat di jangkau dengan transportasi udara dengan jenis permukaan landasan yang bervariasi antara lain :

• Distrik Okaba dengan panjang landaan 600 x 18 meter dengan permukaan landasan rumput
• Distrik Kimaam dengan panjang landaan 700 x 18 meter dengan permukaan landasan rumput