Diwilayah Kabupaten Tolikara saat ini terdapat dua mode transportasi yaitu mode transportasi darat dan udara. Sedangkan model transportasi laut tidak terdapat di Kabupaten Tolikara.

1. Transportasi Darat.

   Transportasi  darat sebenarnya merupakan salah satu jenis transportasi yang relatif murah dengan daya angkut yang lebih besar , oleh karena itu pemerintah Kabupaten Tolikara saat ini serius membuka beberapa ruas jalan utama yang menghubungkan pusat pemukiman penduduk dengan pusat pemerintah dan pusat pemasaran serta desa- desa sekitarnya. Jaringan jalanan yang terdapat di Kabupaten Tolikara masih berupa jalan tanah (jalan setapak) dan jalan tanah yang di perkeras  (jalan Japat) Jaringan jalan japat yang terdapat saat ini mampu untuk dilewati kendaran jenis roda 4 maupun kendaraan harttop dan truk mau un alat berat yang sedang melakukan pembangunan fisik jalan (eksavator maupun buldoser ).

2. Transportasi Udara

   Angkutan udara di Kabupaten Tolikara merupakan tulang punggung aksebilitas wilayah mengingat topografi yang sangat curam dan medan yang sulit .Baik untuk angkutan orang mau pun barang pada umunnya di lakukan melalui angkutan udara dengan konsekuensi jumlah angkutan yang terbatas serta biaya yang mahal pula . Kegiatan angkutan udara ini di lakukan oleh perusahaan penerbangan milik misionaris MAF/AMA. Lapangan terbang yang ada di Kabupaten Tolikara hampir di miliki oleh seluruh Distrik ( kecuali distrik Woniki ), dengan status dua buah lapangan Terbang perintis yang yang berlokasi diDistrik Karubaga dan Bokondini, sementara sisanya berstatus Air Strip.

   Jumlah Landasan Pesawat Berdasarkan Kondisi dan Status Kepemilikan Tahun 2004

   Distrik	Milik Pemerintah		Milik MAF / Swasta
   	Baik	Rusak	Baik	Rusak
   Krubaga	1	-	2	-
   Bokondini	1	-	1	-
   Kembu	-	-	5	-
   Kanggime	-	-	2	-
   Jumlah	2	-	10	-