Wilayah Kabupaten Tolikara mempunyai topografi yang bervariasi antara 1.400 meter sampapi dengan 3.300 meter diatas permukaan laut (dpl), dimana sebagian besar wilayahnya terdiri dari pengunungan (dataran tiinggi) yang dilalui beberapa aliran sungai dan anak sungai yang berasal dari bukit dan gunung yang ada disekitarnya.

Hampir Sebagian besar didominasi oleh kemiringan lahan diatas 40 %, terutama ditemui didaerah bagian tengah wilayah Kabupaten ke arah barat dan timur . Pada bagian Utara yang berbatasan dengan Kabupaten Sarmi dan sebelah selatan yang berbatasan dengan kabupaten Jayawijaya, kemiringan lahannya bervariasi antara 0 % sampai dengan diatas 40 %.

Iklim di Kabupaten Tolikara adalah iklim Tropis basah , karena dipengaruhi letak wilayah yang berada pada ketinggian (dataran tinggi),sehingga rata- rata temperatur uadara bervariasi antara 12^oC sampai dengan 20^oC. Tingkat kelembaban diwilayah ini diatas 86%. Sedangkan angin yang bertiup sepanjang tahun adalah angin Barat daya dengan kecepatan rata- rata 16 Knot dan terendah 2.9 knot.

Sebagai Wilayah yang berada pada daerah ketinggian (dataran tinggi ) dan berada pada Daerah Aliran Sungai Mamberamo dan Baliem serta berada di tengah wilayah provinsi papua ,Kabupaten Tolikara memiliki banyak lokasi mata air dimana arah aliran Sungainya mengalir kebagian Utara maupun ke selatan . Sungai - Sungai yang terdapat di wilayah itu adalah : Sungai Toli , Sungai Konda, Sungai Bogo, Sungai Wunin, Sungai Kembu, Sungai Pun Sungai Kurip, Sungai Kega, Sungai Anggok, dan Sungai Mamberamo.

Sumber air tersebut dapat di jadikan sebagai sumber air baku untuk pertanian dan untuk air bersih . Sehingga dapat di simpulkan bahwa daya dukung air cukup berpotensi untuk pengembangan.