Pakar hukum Tata Negara Harun Alrasid, menilai Instruksi Presiden (Inpres)Nomor 1 2003, tetang Percepatan pelaksanaan Undang-undang (UU) nomor 45/1999 tentang pembentukan Provinsi Irian Jaya Barat, Kaupaten Paniai, Mimika,Puncak Jaya dan Kota Sorong, cacat hukum dan tidak punya dasar yuridis yang jelas. Keluarnya Inpres tersebut harus dinyatakan kepada pemerinta dalam hal ini Presiden apa latar belakangnya.Apa presiden tidak mengidahkan UU NO 21/2002 tentang otonomi khusus Provinsi Papua yang yang ditanda tangi oleh Presiden sendiri, pertanyaan ini hanya Presiden sendiri yang bisa menjawab, lagi pula kesan umum Inpres ini salah kaprah masa' Inpres mengesampikan Undang-undang papar Harun pada saat memberikan keterangan sebagai saksi dalam sidang di Mahkmah Konstitusi (MK) di Jakarta kemarin. Menurut Dia dalam persoalan ini Presiden telah tidak mematihu prosedur Hukum yang berlaku sebelum mengeluarkan kebijakan ujarnya. Presiden seharusnya meminta pertimbangan dari Kepala Daerah yang bersangkutan dengan catatan juga telah disetujui oleh DPRD setempat. Dia menjelaskan implikasi yuridis munculnya Undang-undang nomor 21/2003, yakni secara otomanis mengesampingkan Undang-undang nomor 45/1999 tentang pemekaran wilayah Papua, sesuai dengan azas lexposteriot derogat lexpriori, maka undang-undang yang belakangan mengesampikan udang-undang sebelumnya, kalau dua-duanya diberlakukan akan kacau, jadi harus ada satu yang digunakan yakni lexposterior dan papua kembali menjadi satu lagi, sesuai dengan aspirasi rakyat papua jelasnya. Begitu pula guru besar tata negara Sri Soemantri dalam keterangan tertulis mengatakan undang-undang nomor 45/1999, harus dinyatakan bertentangan UUD 1945, khususnya dengan pasal 18b dia berpendapat UU 45/1999 tidak mengatur materi-materi yang berkaitan pembentukan provinsi dan kabupaten seharusnya seperti keharusan adanya DPRD batas-batas wilayah provinsi, Kabupaten/Kota sebagai penentuan ibu kota provinsi, Kabupaten serta penyerahan kewenangan sebagai akibat di bentuknya provinsi dan kabupaten baru. Dengan demikian lanjutnya UU nomor 45/1999, tidak mengatur tentang adanya kekhususan daerah serta kesatuan-kesatuan masyarakat hukum adat serta hak-hak tradisionalnya, sebagaimana diatur dalam pasal 18A ayat 1 dan pasal 18B UUD 1945, sementara DPRD Provinsi papua yang diwakili wakil ketuanya Paskalias Kosay dalam keterangan tambahan memohon agar Mahkamah Konstitusi dapat secepatnya memberikan keputusan terhadap uji materi UU nomor 45/1999, yang telah diubah dengan UU nomor 5/2000, terhadap UUD 1945, yang diajukan ketua DPRD Provinsi Papua, John Ibo alasannya agar ada kepastian hukum agar masyarakat papua tidak mengalami kebingungan yang berkepanjangan, dan dampak negatif dalam penyelenggaraan pemerintahan di papua yang telah terjadi, tidak semakin luas.