Langkah awal ini, menurut Gubernur merupakan metodelogi modern perbaikan kinerja birokrasi atau pengawasan pelekat, yang dinilai akan memberikan efek positif bagi setiap pelaksanaan program kegiatan yang nantinya akan dijalankan instansi-instansi dilingkungan pemerintahan kedepan.
“Untuk menciptakan pemerintahan yang bersih di Papua pertama yang harus dilakukan adalah audit dulu, dan pemberlakuan audit ini sebenarnya baik dan biasa dalam pemerintahan jadi tidak perlu takut. Karena bagaimana satu organisasi bisa jalan baik kalau tanpa audit, untuk kelancaran pembangunan dan pelayanan
kemasyarakatan,” ujarnya diruang kerjanya. Dijelaskan Guebernur, ada dua audit keuangan kepada birokrasi. Pertama, internal audit yang dilakukan oleh Bawasda, dan eksternal audit yang dilakukan oleh BPK, BPKP dan lainnya. Kedua audit ini bertujuan, agar birokrasi sebagai alat untuk melayani masyarakat, dapat menjalankan fungsi dan tugas dengan sebaik-baiknya serta lebih mengutamakan kepentingan masyarakat diatas kepentingan pribadi maupun golongan.
“Jadi audit itu ada dua ya, audit internal itu oleh Bawasda dan audit eksternal itu oleh BPK, BPKP dan lainnya. Ini tujuannya, supaya birokrasi sebagai alat untuk melayani rakyat mengerjakan tugas dan fungsinya dengan baik, dan supaya rakyat benar-benar merasakan pelayanan dari pemerintah serta kehidupan dan kesejahteraan mereka bisa ditingkatkan. Dan ini yang akan kita buat dalam beberapa bulan kedepan,” jelasnya.

Menyinggung soal pemberlakuan audit di tahun anggaran 2005 kata Suebu, Audit tahun anggaran 2005, memang perlu dilakukan agar ada laporan dan penilaian terhadap laporan pertanggung jawaban Gubernur. Sama halnya untuk audit masa jabatan dari bulan Januari sampai Agustus 2006 lalu. “Kan saya perlu tahu apa yang dilakukan pemerintah selama Januari sampai Juli kemarin. Itu biasa dalam manajemen, jadi tidak usah dibesar-besarkan,” tuturnya. Sementara itu, lanjutnya, dari audit itu nantinya akan diketahui salah satu sumber informasi baik untuk kekurangan dan kelemahan pelaksanaan pembangunan di daerah ini. Dimana mungkin ada hal-hal yang justru terjadi tetapi tidak diharapkan. Dengan begitu kita bisa lihat kelemahan-kelemahan itu untuk kita sempurnakan.
Ditanya, apabila dalam audit tersebut ditemukan adanya penyimpangan, kata Suebu, hal demikian masih harus diteliti kebenarannya secara baik. Karena
bagaimanapun, asas praduga tak bersalah harus dikedepankan, namun apabila ada penyimpangan maka dirinya berjanji bahwa hal tersebut tidak akan ditutup-tutupi. “Jadi, saya sudah konsultasi dengan KPK dan Jaksa Agung, dan saya tidak ingin mencari-cari kesalahan karena bukan tugas saya itu. Dan ini penting bahwa saya juga harus melindungi semua pegawai dan semua aparat yang bekerja dengan baik. Tetapi kalau seandainya ada kesalahan itu dalam audit itu kenapa harus ditutup. Jadi yang salah adalah salah, dan yang benar harus dilindungi. Karena tidak boleh statement apapun dilakukan, karena semua orang punya hak untuk dijaga kehormatannya atau asas praduga tak bersalah. Karena itu secara hukum harus terbukti baru itu boleh diumumkan,” pungkasnya.