Secara astronomis Kabupaten Boven Digoel terletak di bagian selatan Papua antara 139^o 90' – 141^o Bujur Timur dan 4^o 98' – 7^o 10' Lintang Selatan. Secara administrasi Pemerintahan, Kabupaten Boven Digoel terdiri dari 6 (Enam) Distrik dan 88 Kampung dengan batas-batas :

• Sebelah Utara berbatasan dengan Kabupaten Pegunungan Bintang
• Sebelah Selatan berbatasan dengan Kab. Merauke;
• Sebelah Barat berbatasan dengan Kabupaten Mappi dan Kabupaten Asmat;
• Sebelah Timur berbatasan dengan Negara Papua New Guinea.

Topografi wilayah Kabupaten Boven Digoel umumnya bervariasi dari datar sampai bergelombang dibagian tengah dan selatan meliputi Distrik Jair, Mandobo dan Distrik Mindiptana. Sedangkan semakin ke utara berbukit dan pegunungan meliputi Distrik Mindiptana, Waropko, Kouh dan Bomakia.

Wilayah Kabupaten Boven Digoel terletak antara Sungai Fly dan Digoel serta terletak di dataran deposit kwarter yang menutupi batuan sedimen tersier dan pleitosin ( Schroo, 1963 ). Geologi Kabupaten Boven Digoel dibagi menjadi 2 (dua) Bagian yaitu Bagian Utara dan Bagian Selatan. Bagian Selatan umumnya terdiri dari endapan sungai dan endapan rawa. Endapan sungai pada bagian ini memungkinkan terdapatnya endapan hidro karbon ( minyak dan gas bumi ), sedangkan semakin ke utaran ditandai dengan munculnya batuan-bataun berusia tua yang terangkat akibat proses tumbukan lempeng Australia dan lempeng Pasifik.

Jenis tanah Kabupaten Boven Digoel di kelompokkan menjadi 4 ( empat ) macam yaitu : tanah Gleisol, Podzolik, Regosol dan Organosol. Tanah Gleisol terdapat pada sebagian kecil wilayah Distrik Mandobo, Mindiptana dan Jair. Jenis tanah ini banyak mengandung bahan-bahan organik dan gambut.

Jenis tanah Podzolik terdapat pada sebagain besar Distrik Jair, Mandobo, bagian selatan Distrik Mindiptana dan bagian selatan Distrik Kouh serta Distrik Bomakia sedangkan Tanah Regosol tersebar di bagian utara Distrik Mindiptana, Mandobo, Kouh dan Distrik Bomakia. Jenis Tanah Organosol sebagian besar terdapat pada Distrik Waropko.

• Wilayah Kabupaten Boven Digoel dibagi dalam beberapa zona agroklimat, yakni di sebelah Selatan meliputi Distrik Jair dan sebagian Distrik Mandobo dengan rata-rata curah hujan pertahun antara 2.000 sampai dengan 3.000 mm per tahun. Sedangkan disebelah utara meliputi sebagian Distrik Mandobo, Mindiptana, Waropko, Kouh dan Bomakia memiliki curah hujan rata-rata antara 3.000 - 4.000 mm per tahun dan semakin ke utara di sepanjang kaki pegunungan Jayawijaya curah hujan rata-rata antara 4.000 - 6.000 mm per tahun.
• Kelembaban udara cukup tinggi dengan tingkat kelembaban udara rata-rata berkisar antara 81 sampai dengan 86%.
• Suhu udara rata-rata berkisar antara 20^oC sampai dengan 27^oC.

Penggunaan lahan di wilayah Kabupaten Boven Digoel lebih kurang 80% masih berupa hutan. Sebagian lahan digunakan untuk perkebunan, permukiman dan industri.