Belum beroperasinya KM. Papua V melayani jasa angkutan laut diwilayah perairan Biak, menjadi sorotan dan patut dipertanyakan. Pasalnya kapal itu sudah diberangkatkan dari Pelabuhan Navigasi Dok IV Jayapura menuju Biak pada 20 desember 2006. Belum beroperasinya kapal perintis ini ikut dipertanyakan Kepala Dinas Perhubungan Provinsi Papua, Soleman Wairo, padahal menurut Dia kapal itu telah diserahkan kepada operator pengelola PT. Berkat Abadi Jaya Makmur (BAJM) oleh Gubernur Barnabas Suebu, beberapa waktu setelah KM. Papua V diresmikan. Soleman juga sempat kaget dan merasa heran mendengar kabar belum beroperasinya KM Papua V, padahal dana operasional dari subsidi yang ada di Kantor Adpel Biak, sudah diserahkan kepada pihak administrator. ”Jadi ini perlu dipertanyakan kalau KM. Papua V belum beroperasi  padahal kapal ini sudah diserahkan kepada operator. disamping itu sudah diserahkan dana operasional dari subsidi yang ada di kantor Adpel. Jadi ini perlu dipertanyakan kenapa sampai belum beroperasi kapalnya?,” ucap Soleman seraya bertanya-tanya. Kaitannya dengan ini, Kadishub Soleman Wairo mendesak pihak-pihak terkait agar segera mengoperasikan KM. Papua V guna melayani masyarakat serta menyerap dana operasional yang telah diserahkan. Karena dengan beroperasinya Papua V, dapat melayani jasa angkutan orang dan barang diwilayah perairan Biak dan sekitarnya, serta membantu Pemerintah Daerah menggiatkan perdagangan maupun perekonomian diwilayah pesisir Biak, karena harga jual tiket kapal perintis relatif sangat murah dan dapat dijangkau oleh masyarakat ekonomi menengah kebawah. Seperti halnya angkutan kapal perintis Jayapura – Sarmi sebesar Rp. 30.000. merupakan sebuah harga jual tiket yang sangat murah karena telah disubsidi pemerintah. ”Jadi sebenarnya KM. Papua V sudah harus beroperasi karena sudah diserahkan kepada pihak operator oleh Gubernur dan sepengetahuan Pemerintah Pusat. Kemudian apabila KM. Papua V belum beroperasi ini perlu dipertanyakan dan perlu diambil tindakan tegas,” ucapnya.