Menurut perhitungan Bank Dunia, mark up terbesar terjadi dibidang pekerjaan pengadaan barang dan jasa akibat sistem pelaksanaannya sarat akan praktek KKN antara pengusaha dan instansi pemegang proyek. Dicontohkan, kebocoran yang terjadi dalam bidang itu, sekitar 20 persen dari total anggaran yang disediakan. ”Ini terjadi karena ada main mata
antara instansi pemberi proyek dan pengusaha,” kata Gubernur Barnabas Suebu. Untuk mengatasinya, kata Suebu, akan dilakukan perubahan pola system pengadaan barang dan jasa di tahun 2007 ini, dengan melaksanakan proses tender secara tranparan dan independen, melalui sistem komputerisasi. Disamping itu, akan dibentuk satu tim yang akan meng-update harga satuan barang sehingga praktek KKN dapat ditekan. ”Jadi dengan sistem ini, para pengusaha tidak akan bertemu dengan pemberi
proyek. Cukup dilihat melalui website yang akan dibentuk nanti. Untuk harga satuan barang, akan dibentuk satu tim yang akan terus meng-update harga-harganya. Dari sini diharapkan praktek KKN bisa ditekan,” kata Suebu.
Menurut Gubernur, Pemerintah Provinsi Papua dalam tahun ini akan memberlakukan sistem tender elektronik melalui data base komputer, sehingga dalam pelaksanaan tender kedepan, baik pengusaha dan pemberi tender yang dalam hal ini adalah pihak pemerintah kedepan, tidak akan bertemu secara langsung (face to face) namun tender ditentukan secara komputerisasi dengan memantau harga penawaran yang terkecil. Hal ini dimaksudkan, agar unsur KKN dalam sistem tender yang biasa terjadi, dapat diminimalisasi dan ditekan.
   Pemberlakuan sistem tender elektronik ini bertujuan meningkatkan transparansi dan kompetensi dalam pengadaan barang/jasa pemerintah serta dapat mewujudkan efisiensi dan efektifitas pengelolaan untuk memperoleh hasil yang maksimal. Disamping itu, melalui tender elektronik ini pengadaan barang / jasa Pemerintah dapat dilaksanakan melalui prinsip persaingan sehat, transparan, terbuka, dan adil bagi semua pihak. “Dalam artian, hasil pekerjaan dapat di pertanggung jawabkan dari segi fisik, keuangan, serta manfaatnya bagi kelancaran tugas pemerintah dan pelayanan kepada masyarakat,” Kata Suebu.