Untuk pertama kalinya dalam sejarah bangsa Indonesia, calon presiden dan calon wakil presiden dipilih secara langsung oleh rakyat. Pemilihan Umum presiden (pilpres) dilaksanakan serentak di seluruh Indonesia, senin 5 Juli 2004. Indonesia negara pertama di kawasan Asia Tenggara yang menerapkan pemilihan presiden secara langsung. Sebanyak 155.048.803 pemilih menjatuhkan pilihannya di 574.945 tempat pemungutan suara (TPS). Pelaksanaan Pemilihan Presiden dan Wakil Presiden di Provinsi Papua berjalan lancar dan aman, Pada hari pertama perhitungan suara hasil pilpres sementara masih unggul untuk pasangan Sosilo Bambang Yudhoyono (SBY) dan Moh.Jusuf Kalla (MJK). Sedangkan hasil perhitungan suara dari berbagai Kabupaten di Provinsi Papua belum dilaporkan ke KPU Provinsi mengingat kondisi wilayah Papua khususnya di tingkat Distrik yang masih sangat terbatas dari prasarana perhubungan. Namun demikian diharapkan hari kedua (Selasa hari ini ) laporan dari daerah-daerah sudah mulai masuk sehingga hasil laporan-laporan dari daerah sudah akan langsung dilaporkan ke KPU Pusat. Tonggak era baru Indonesia Menuju masa perubahan yang lebih baik sudah dimulai, dan rakyat Indonesia sudah melakukan pilihan dengan baik. Mereka berharap dapat memilih sosok pemimpin yang akan membangun masa depannya menuju masyarakat adil, sejahtera dan makmur.