Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) telah menemukan 12 point kasus dugaan korupsi di Pemda Papua pada tahun 2006 lalu. Kepala Biro Keuangan Provinsi Papua, Achmad Hatari
mengatakan dari temuan tersebut ada yang sifatnya administratif dan ada temuan yang sudah ditindaklanjuti  oleh pihak kejaksaan dan kepolisian untuk menanganinya sesuai mekanisme hukum yang berlaku.
    Seperti kasus dugaan tindak pidana korupsi di Biro umum dan keuangan, terjadi saat dirinya belum menjadi Kabiro keuangan dan perkaranya telah diserahkan ke polisi dan jaksa. Kasus ini menyangkut adanya suatu surat tagihan di Biro Umum yang terjadi double pembayaran pada rekanan yang sama dengan jumlah sebesar Rp 227 juta di tahun 2006.
    Namun Hatari enggan menyebutkan nama kontraktor tersebut. Ia hanya mengatakan sang kontraktor sudah beberapa kali dikirimi surat agar menyetor kembali uang pembayaran double itu ke kas daerah. Tetapi sampai saat ini yang bersangkutan belum mengembalikan.  Ada dugaan sang kontraktor sudah tidak lagi berdomisili di Jayapura, dan kemungkinan berada di kabupaten lain. “Kalau tak dikembalikan, maka yang bersangkutan bisa ditangkap, dimanapun dia berada," katanya.
     Sedangkan menyangkut pelanggaran administratif yang sudah ditindaklanjuti berupa teguran-teguran terhadap pimpinan Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD). Soal dugaan penggunaan anggaran di lembaga Majelis Rakyat Papua (MRP) yang over dosis, bersifat perdata dan uangnya secara bertahap telah disetor kembali.ke Pemprov Papua. Sebab sesuai dengan PP No. 54 tentang pembentukan MRP dan hak-hak keuangannya dalam perkembangannya akan dilakukan perubahan.
    Temuan lainnya yang menonjol di lembaga legislative DPR Papua juga ditahun 2006. Ditubuh para wakil rakyat ini terindikasikan telah terjadi dugaan korupsi sebesar Rp 5,2 Milliar. Saat ini BPK sendiri sedang melakukan audit selama 36 hari. “Tanggal 13 bulan ini sudah selesai. Diharapkan satu bulansesudah itu . BPK akan kembali melakukan audit terhadap laporan keuangan Pemerintah Propinsi Papua untuk TA 2007,”katanya. Pasalnya saat ini kebutuhan fiscal Papua dari tahun ke tahun semakin besar, karenanya pengawasan juga akan lebih diperketat.
    Sebelumnya Gubernur Papua Barnabas Suebu juga sudah mengungkapkan hasil kerja Tim pemberantasan dan pencegahan korupsi (TIMTASTIPIKOR) bentukkannya telah mengajukan empat institusi ke pihak aparat penegak hokum (kejaksaan dan kepolisian-red) untuk mengusut indikasi kasus korupsi diinstitusi ini.
    Barnabas Suebu  didampingi Sekretaris Daerah Papua Tedjo Seoprapto menjelaskan, dari rapat terakhir dengan tim ini, memang ada kasus-kasus tertentu yang harus diproses secara hukum dan ada juga yang hanya diselesaikan secara administrasi atau secara internal Pemerintah Provinsi Papua. Untuk itu gubernur mempersilahkan pihak kepolisian maupun kejaksaan untuk memeriksa para pejabat maupun lainnya yang diduga ada kaitannya dengan kasus tersebut. "Silahkan mereka diperiksa, apakah menjadi saksi atau tersangka. Kalau tidak diperiksa-periksa, akan saya tanyakan lagi, mengapa mereka tidak diperiksa,"katanya.
    Kasus yang diserahkan kepada jaksa dan polisi antara lain di institusi Pemprov Papua yakni Biro Keuangan dan Biro Umum. Kemudian dua institusi lainnya kasus di MRP dan satu lagi di DPRP. "Silahkan tanya ke polisi dan jaksa, sudah sejauh mana penanganan kasus
 tu, apakah mereka yang diduga terlibat itu sudah diperiksa atau belum, baik sebagai tersangka maupun sebagai saksi," ujarnya seraya meminta kepada para wartawan agar terus memantau kasus itu.