Perppu nomor 1 Tahun 2008 ditandatangani oleh Presiden Susilo Bambang Yuhoyono pada 16 April 2008. Aturan itu mengubah dua pasal dalam UU 21/2001, yaitu pasal 1 huruf (a), dan pasal 7 ayat 1 huruf (l). Pasal 1 huruf a, berubah bunyinya semua otsus hanya berlaku bagi Provinsi Papua, tetapi dengan Perppu nomor 1 Tahun 2008 maka otonomi khusus juga berlaku bagi Provinsi Papua Barat. Sementara itu, pasal 7 ayat 1 huruf (l) yang mengatur Dewan Perwakilan Rakyat Papua mempunyai tugas dan wewenang memilih Gubernur dan Wakil Gubernur, dalam Perppu nomor 1 Tahun 2008 dihapus.
Penjelasan mengenai Perppu nomor 1 Tahun 2008 tersebut disampaikan oleh Menteri Dalam Negeri Mardiyanto, Senin (21/4) malam. Mardiyanto didampingi oleh tokoh Papua, Menteri Kelautan dan Perikanan Freddy Numberi, Ketua DPRD Papua Barat Djimmy Demianus Itjie beserta tokoh lainnya dari Papua.
Penerbitan perppu ini dilakukan pemerintah, setelah hampir 3,5 tahun lalu, November 2004, Mahkamah Konstitusi membatalkan Undang-undang nomor 45 Tahun 1999 tentang pembentukan Provinsi Irian Jaya Tengah, Irian Jaya Barat, Kabupaten Paniai, Kabupaten Mimika, Kabupaten Puncak Jaya, dan Kota Sorong. Setelah pembatalan UU di MK itu, muncul kontroversial mengenai keberadaan Provinsi Papua Barat. Pro dan kontra mengenai payung hukum penyelenggaraan pemerintahan daerah Papua Barat pun bermunculan baik di tingkat masyarakat Papua dan nasional.
“Perppu tersebut sebagai dasar hukum pelaksanaan otosus di Provinsi Papua Barat, mengingat dalam kenyataannya Papua Barat sudah menjalankan urusan pemerintahan dan pembangunan serta memberikan pelayanan kepada masayarakat sejak tahun 2003 tetapi belum diberlakukan otsus berdasarkan UU 21/2001,” jelas Mendagri.
Lebih lanjut, Mendagri mengatakan penyusunan Perpu tentang pemberlakuan otsus bagi Papua Barat merupakan tindak lanjut dari pertemuan antara Wakil Presiden dengan para pemimpin Papua, Februari lalu, yang menghasilkan kesepakatan antara lain segera diterbitkannya Perppu sebagai landasan hukum pemberlakuan otsus di Papua Barat.
Ketika ditanya mengenai pembagian dana otsus, Mendagri hanya mengatakan hal itu nanti akan dibicarakan lebih lanjut. “Justru inilah payungnya ke dalam, besaran dan sebagainya punya payung hukumnya,” katanya. Pemerintah akan menyusun Peraturan Presiden mengenai Pembentukan Badan Koordinasi Pengelolaan Dana Otsus dan Sumber Dana Lainnya.
Sementara itu, Freddy Numberi mengatakan payung hukum ini ditunggu-tunggu oleh masyarakat Papua Barat. “Sambil jalan, nanti UU 21/2001 akan direvisi. Karena Papua Barat membutuhkan payung hukum di lapangan untuk menjalankan penyelenggaraan pemerintahan daerah,” katanya.