Proses pemekaran Kabupaten Mamberamo Raya, kini terkendala masalah baru. Sebelumnya Pemerintah Kabupaten Sarmi dan Pemerintah Kabupaten Waropen telah menyepakati agar pemekaran kabupaten baru ini, mencatutkan 3 distrik dari wilayah Waropen, yakni Distrik Benuki, Sawae, dan Waropen Atas. Kesepakatan ini ternyata memudar setelah dalam dialog di Sasana Krida Kantor Gubernur, Selasa (14/11), Pemkab Sarmi menyatakan menolak dengan tegas dimasukannya 3 distrik dari Waropen sebagai bagian wilayah dari Kabupaten Mamberamo Raya. Akibatnya, Panitia Adhoc I DPD RI yang dipimpin H. M. Rahim, dalam waktu dekat akan bertemu dengan pihak Pemkab Sarmi untuk mencari tahu dasar yang menjadi alasan untuk tidak mencatutkan 3 distrik dari Kabupaten Waropen.
Sementara itu, pihak Pemerintah Provinsi Papua hanya akan menunggu dan memberikan dukungan beserta kelengkapan data lainnya, guna kelancaran proses pemekaran kabupaten baru ini. Wakil Gubernur Alex Hasegem, kepada wartawan mengakui bahwa proses
pemekaran ini masih akan memakan waktu yang cukup lama, karena munculnya aspirasi baru dari pihak Pemkab Sarmi yang keluar dari koridor kesepakatanawal, yakni tidak menginginkan dimasukannya 3 distrik dari Kabupaten Waropen dengan alasan yang belum jelas.
Hal yang sama juga diakui Ketua Tim Adhoc I DPD RI, H. M. Rahim, yang dalam waktu dekat akan bertemu pihak Pemda Sarmi dan Waropen untuk mempercepat proses pemekaran Kabupaten Mamberamo Raya. Dari pantauan dalam pelaksanaan dialog yang dihadiri pihak Pemda beserta tokoh adat dan tokoh masyarakat Kabupaten Sarmi dan Waropen, terjadi perbedaan pendapat maupun pembahasan yang cukup alot. Hasil dari pertemuan ini akan dilanjutkan oleh DPD RI dengan melakukan pertemuan dengan pihak Pemda Sarmi untuk mempertanyakan penyebab tidak disetujuinya 3 Distrik dari Waropen untuk dicantumkan sebagai wilayah Kabupaten Mamberamo Raya.