Membangun tanah Papua tidak dapat dilakukan tanpa peran serta sector Perhubungan. Pembangunan infrastruktur Perhubungan yang meliputi jalan, jembatan, sarana dan prasarana transportasi sungai, danau dan penyeberangan, pelabuhan laut, Bandar udara, sarana telekomunikasi, listrik dan air tawar sangat diperlukan guna mempercepat daerah ini dapat berkembang. Secara bertahap, pemerintah akan membangun infrastruktur tersebut, baik dari dana APBD maupun APBN, serta bantuan dari luar negeri sehingga pada suatu saat daerah akan terhubung dengan jaringan jalan, transportasi laut dan udara, serta masyarakat yang berada di kampung-kampung dapat berkomunikasi dengan saudaranya di tempat lain. Beberapa Bandar udara yang berada di pegunungan tengah yang selama ini hanya dapat didarati dengan pesawat kecil jenis Twin Otter, akan dibangun dan dikembangkan untuk dapat didarati pesawat yang agak besar, sehingga distribusi barang lebih cepat, dan harga barang lebih murah. Selain itu, pemerintah akan membangun pula 3 bandar udara yang memadai yaitu Sentani, Biak dan Timika.
Demikian pula 2 pelabuhan akan segera dibangun menjadi pelabuhan full kontainer untuk menunjang eksport dan import yaitu Biak di pantai utara dan Timika di pantai selatan Papua. Selain itu, akan dibangun pula pelabuhan full kontainer yaitu Depapre untuk menggantikan pelabuhan Jayapura yang sudah tidak memungkinkan lagi dikembangkan sedangkan arus barang terus mengalami peningkatan. Hal itu seperti dikatakan Gubernur Suebu dalam sambutannya yang dibacakan Asisten III Bidang Umum Setda Provinsi Papua, Djabar Abdul Kadir, disela-sela pembukaan Rakor Perhubungan se-Papua, yang digelar di Lantai III Dinas Perhubungan Provinsi Papua, Selasa (5/12) kemarin.
Menurut Gubernur, Pemerintah Provinsi kembali akan membangun dan mengembangkan beberapa pelabuhan domestik, pelabuhan perintis sebagai feeder kegiatan eksport-import dari pelabuhan yang direncanakan pembangunannya.  Transportasi yang tidak kalah pentingnya adalah pelabuhan dan kapal penyeberangan atau ferry yang berfungsi sebagai jembatan bergerak yang menghubungkan jaringan jalan darat yang terputus karena adanya perairan. “Saat ini sebanyak 3 pelabuhan dalam tahap pembangunan yang diharapkan selesai dan mulai beroperasi pada tahun 2008. Jika seluruh pelabuhan selesai maka akan terhubungkan transportasi penyeberangan di kawasan Teluk Cenderawasih yaitu, Biak-Saubeba kemudian melalui jalan darat ke Kabuena dan dengan kapal ke Waren/Waropen, melanjutkan perjalanan ke Nabire dan Manokwari serta Numfor dan kembali ke
Biak” katanya. Sementara itu, dalam pelaksanaan kegiatan Rakor, diikuti oleh para Kadis Perhubungan, Kepala Bappeda, para Administrator Pelabuhan dan Kepala Kantor Pelabuhan, Kepala Bandar Udara, Kepala Distrk Navigasi, GM PT. Pelindo, Kepala Cabang pelni, dan unsure Pimpinan Perusahaan Penerbangan se- Papua dan IJB. Pelaksanaan Rakor ini akan diselenggarakan selama 2 hari dan membahas masalah-masalah seperti penanangan illegal loging, illegal fishing serta pengembangan jaringan prasarana dan jaringan pelayanan transportasi di Papua. Turut serta sebagai pemberi materi, Kapolda Papua, Danlantamal V Jayapura beserta intansi maupun institusi terkait.