Karena tidak terserapnya pendanaan dalam berbagai kegiatan Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Papua tahun anggaran 2006,  kurang lebih sekitar Rp. 12 – 14 milyar dana APBN dari Departemen Kelautan dan Perikanan terpaksa harus dikembalikan ke kas  Negara. Hal ini, sesuai dengan verifikasi dari Irjen Departemen Kelautan dan Perikanan yang dalam investigasinya mendapati  sejumlah dana itu tidak terserap kedalam kegiatan yang telah diajukan. Akibat dari tidak terserapnya sebagian dana APBN ini,  dinilai dapat mempengaruhi pengajuan anggaran kegiatan Dinas Perikanan Provinsi Papua pada tahun 2007 mendatang. Karena dana  sebesar Rp. 40 milyar yang telah dicairkan Menteri Kelautan dan Perikanan Fredy Numberi Awal Januari lalu, tidak terserap  dengan baik untuk mendukung program pembangunan di Papua, khususnya di bidang kelautan.
Wakil Kepala Dinas Perikanan Provinsi Papua, M. Ayomi, SH di ruang kerjanya, Selasa (12/12) mengatakan, penyebab tidak  terserapnya sebagian dana ini akibat belum persiapan yang kurang dari pihak manajemen dinas. Artinya, kinerja manajemen belum  mampu menyerap seluruh anggaran, padahal anggaran tersebut sudah turun ke KPN sejak bulan Januari lalu. Menurut Dia, apabila  pihak manajemen berani mengambil keputusan untuk melaksakan sisa kegiatan yang, tentu dana yang telah dianggarkan tidak akan  dikembalikan ke kas Negara. Karena tidak terserapnya sebagian dana yang ada tentunya dapat memperngaruhi permintaan dinas ini  pada tahun 2007 mendatang. “Jadi ini sangat disayangkan. Betapa tidak, karena seharusnya dana yang ada ini dikerjakan untuk  program kegiatan yang sudah diajukan. Padahal Disamping itu, satuan kerja atau Satkar pelaksana kegiatan juga sudah siap.  Sedangkan Pengguna anggaran dan panitia tender juga sudah dibentuk, kenapa tidak dilakukan dan sekarang dananya harus  dikembalikan. Irjen DKP kemarin juga menyayangkan hal ini. Mereka juga heran kenapa dana sebesar ini tidak dimanfaatkan  dengan baik,” katanya.