Nama Kota Jayapura pada awalnya adalah Hollandia, dimana nama tersebut di beri oleh Kapten Sachse pada tanggal 07 Maret 1910. Apa arti Hollandia ? Hol = lengkung; teluk, land = tanah; tempat. Jadi Hollandia artinya tanah yang melengkung atau tanah / tempat yang berteluk. Negeri Belanda atau Holland atau Nederland - geografinya menunjukan keadaan berteluk teluk. Geografi Kota Jayapura hampir sama dengan garis pantai utara Negeri Belanda itu. Kondisi alam yang lekuk - lekuk inilah yang mengilhami Kapten Sachse untuk mencetuskan nama Hollandia di atas nama asli Numbay. Numbay diganti nama sampai 4 kali ; Hollandia - Kotabaru - Sukarnopura - Jayapura, yang sekarang di pakai adalah \\\"JAYAPURA \\\".

• Walikota Pertama : Drs.Florens Imbiri (Periode 1979 - 1989)
• Walikota Kedua : Drs.Michael Manufandu,MA (Periode 1989 - 1993)
• Walikota Ketiga : Drs.R.Roemantyo (Periode 1994 - 1999)
• Walikota Keempat : Drs.M.R Kambu (Periode 2000 - 2005)
  Wakil Walikota : J.I Renyaan, SH

Untuk pertama kalinya pada tahun 2004 - 2005 dalam sejarah demokrasi di Indonesia pada umumnya dan Kota Jayapura pada khususnya dilakukan pemilihan Kepala Daerah secara langsung oleh rakyat, dimana masyarakat Kota Jayapura masih memberi kepercayaan kepada Bapak Drs. M.R Kambu, MSi sebagai Walikota Jayapura dan Sudjarwo, BE sebagai Wakil Walikota Jayapura Periode 2005 - 2010.