Selama 10 tahun rencana pembangunan Dermaga Navigasi Kelas I Jayapura diajukan ke Pemerintah Pusat, baru dapat direalisasikan pada tahun 2003 dan hasil pembangunan yang dilaksanakan, dalam dua tahun tersebut baru diresmikan selasa, (07/09) Gubernur Provinsi papua Drs.J.P.Solossa,Msi dalam sambutan tertulisnya yang dibacakan Sekda Provinsi papua Drs. Andi Baso Bassaleng, mengatakan keselamatan pelayaran di laut menjadi tanggung jawab navigasi, tugas ini tidaklah tidaklah mudah dan gampang sebab miliki dampak yang sangat besar. Jika salah satu dari rambu-rambu suar tidak berfungsi atau rusak akan membahayakan kapal-kapal pelayaran, maka untuk menghindari hal tersebut, maka navigasi memiliki peran yang sangat penting. Dengan pengresmian dermaga khusus navigasi ini diharapkan dapat meningkatkan pelayanan tugas-tugas dan lebih memotivasi lagi dalam bekerja guna menjaga keselamatan pelayaran. Sementara itu Kepala Distrik Navigasi kelas I Jayapura Zadrak Taime dalam laporannya mengatakan bahwa jayapura memiliki wilayah kerja yang luasnya kurang lebih sepertiga perairan papua yang meliputi 8 Kabupaten di utara papua, dan memiliki Instalasi keselamatan pelayaran yang strategis seperti radio pantai kelas I dan dan kapal yang mampu menjangkau perairan luas. Disrik Navigasi Jayapura berada di ibu kota Provinsi Papua, Jayapura sebagai pusat kegiatan pembangunan pembangunan dan berada di hadapan samudra Pasifik yang dilayari oleh arus pelayaran Internasional kapal-kapal Ocean Going/kapal-kapal samudra. Dua puluh lima kantor Distrik navigasi yang ditempatkan diseluruh wilayah Indonesia dan untuk wilayah Papua ada 3 Kantor Distrik Navigasi yakni, Distrik Navigasi kelas I jayapura dengan wilayah kerjanya mulai dari batas Republik Indonesia sampai PNG di utara sampai manokwari, Distrik Navigasi Kelas II Merauke wilayah kerjanya meliputi Amamapare sampai ke seluruh kepulauan Raja Ampat, dan Distrik Kelas III Merauke wilayah kerjanya meliputi mulai dari Amamapare sampai batas Republik Indonesia diselatan tepatnya di sungai Torasi. Lebih lanjut Zadrak mengatakan dalam 4 tahun terakhir ini Distrik Navigasi Kelas I Jayapura mengalami kenaikan kelas sebanyak dua kali yakni tahun 1999 dari Sub Distrik Navigasi menjadi navigasi kelas II, tahun 2003 Distrik navigasi kelas II menjadi Distrik Navigasi kelas I, dan dalam waktu dekat akan diseuaikan untuk dinaikan menjadi kelas utama. Dengan alasan bahwa Navigasi Kelas I jayapura memiliki luas perairan serta luas kerja sehingga perlu dinaikan tambahnya.