Kabupaten Waropen yang beribukota di Botawa, terletak di antara 135 93’ 00”  –  1370 0 42’ 00” Bujur Timur dan 335’ 00” – 20 212’ 00” Lintang Selatan.  Sebelah utara berbatasan dengan Kabupaten Kepulauan Yapen. Sebelah selatan berbatasan dengan Kabupaten Paniai dan Puncak Jaya. Sebelah barat berbatasan dengan Kabupaten Nabire.  Dan sebelah timur berbatasan dengan Kabupaten Memberamo Raya.  Luas wilayah Kabupaten Waropen mencapai 22.004,87 Km2. Daerah terluas dari kabupaten ini merupakan hutan negara yang mencapai 13.387,57 Km2 (60,84 persen). Distrik yang paling luas wilayahnya adalah Distrik Kirihi yang mencapai 1.848,02 Km2 (8,40 persen). Sedangkan Distrik yang paling kecil luas wilayahnya adalah Distrik Urei Faisei dengan luas 104,28 Km (0,47 persen).
      
Wilayah Kabupaten Waropen memiliki topografi dataran tinggi dan dataran rendah. Distrik yang memiliki topografi dataran tinggi adalah Distrik Kirihi.  Kesembilan distrik lainnya selain Distrik Kirihi merupakan distrik – distrik yang memiliki topografi dataran rendah.  Distrik Kirihi juga merupakan distrik yang tidak memiliki wilayah pantai. Sedangkan 9 (sembilan) distrik lainnya sebagian wilayahnya berbatasan langsung dengan laut,  sehingga distrik – distrik ini memiliki pantai.



Luas wilayah Menurut Distrik Kab. Waropen