Kota Jayapura telah sejak lama bersentuhan dengan dunia luar. Hal ini ditunjukkan dengan adanya orang-orang yang pernah singgah di Tanah Papua seperti seseorang berbangsa Spanyol bernama Ynico Ortis De Fretes. Dengan kapalnya yang bernama "San Juan", Ynico berlayar pada tanggal 16 Mei 1545 dari Tidore ke Meksiko. Dalam perjalanan tersebut, rombongan Ynico tiba di sekitar muara sungai Mamberamo pada tanggal 16 Juni 1545 memberikan nama "Nova Guinea" kepada tanah Papua.

Sesudah Ortis de Fretes, muncul lagi pengarung-pengarung lain antara lain Alvaro Memdana Ne Neyra (1567) dan Antonio Ma (1591 - 1593)

Bagian utara dari Belanda Nugini diduduki oleh pasukan Jepang pada tahun 1942. Pasukan sekutu mengusir Jepang setelah pendaratan amfibi dekat Hollandia sejak 21 April 1944. Daerah ini menjadi markas Jenderal Douglas MacArthur sampai penaklukan Filipina pada bulan Maret 1945. Lebih dari dua puluh pangkalan AS didirikan dan setengah juta personel AS bergerak melalui daerah ini.

(Sumber : http://id.wikipedia.org/wiki/Kota_Jayapura )