Berdasarkan Peraturan Pemerintah RI No:56 Tahun 1996 tentang Pembentukan Kabupaten Administratif Paniai serta UU No 45 Tahun 1999 Tentang Pembentukan Propinsi Irian Jaya Barat, Propinsi Irian Jaya Tengah, Kabupaten Mimika dan Kota Sorong, maka pada Tahun 2001 Terbentuk Kabupaten Paniai yang Devinitif.
Kabupaten Paniai pada awal terbentuknya terdiri dari 11 Distrik. Pada perkembangan selanjutnya, tahun 2008 dilakukan pemekaran wilayah untuk meningkatkan keefektifan pelayanaan kepada masyarakat.
| Distrik Tahun 2003 | Distrik Tahun 2008 | Ibukota | Jumlah Desa |
|---|---|---|---|
| Tigi | Tigi | Wenghele | 7 |
| Kapiraya | Komautc | 1 | |
| Tigi Barat | Ayatei | 12 | |
| Tigi Timur | Tigi Timur | Damabagata | 6 |
| Paniai Timur | Paniai Timur | Enarotali | 18 |
| Yatamo | Epouto | 4 | |
| Kebo | Kebo | 11 | |
| Bibida | Bibida | Bibida | 2 |
| Dumadama | Duma | 2 | |
| Sugapa | Sugapa | Yokatapa | 9 |
| Hitadipa | Wabui | 5 | |
| Homeyo | Homeyo | Pogapa | 10 |
| Aradide | Aradide | Komopa | 7 |
| Ekadide | Pasir Putih | 5 | |
| Paniai Barat | Paniai Barat | Obano | 12 |
| Siriwo | Dadou | 3 | |
| Bogobaida | Bogobaida | Bogobaida | 6 |
| Mbian Doga | Mbiandoga | Mbiandoga | 6 |
| Wandai | Sabisa | 1 | |
| Agisiga | Agisiga | Agisiga | 6 |
| Bouwobado | Kopai | 3 | |
| 11 | 21 | 21 | 136 |
Sumber : Kabupaten Paniai Dalam Angka, tahun 2008